木材干燥過程中會出現各種問題。大多數這些缺陷可以被預防或減輕。變形通常由樹種和材料等級等因素決定；靠近核心的一些樹種的徑向物質可能會發生坍塌;

內裂：厚度小于1cm的薄板干燥或采用風干法干燥，幾乎不會造成內裂。內裂是由表面裂紋向內發展后的表面裂紋閉合而形成的。也有沒有表面裂紋，只有內部裂紋的情況。

弦材料的內裂發生在干燥的末端，因為內層在寬度方向上收縮大于表面。內部開裂與干燥溫度有很大關系。一般來說，干燥開始時的溫度較低，表面細胞很難塌縮。然而，木材的內層在高含水率的狀態下被長時間加熱。隨著干燥過程的進行，干燥溫度逐漸升高，細胞崩潰加劇。

因此，由于內部加熱時間的長短，大多數厚板容易發生內部開裂。此外，干球和濕球在干燥開始時的溫差大，表面"張應力"很大，如果內部細胞塌縮，也很可能會發生內部開裂。

變形：干燥木材的變形主要包括水平彎曲，縱向彎曲，扭曲和翹曲。主要原因是每個部位的收縮率不同，并且不同組織之間（如木射線和纖維素，心材邊材）的收縮差異及其部分塌陷。

變色：木材在干燥后會發生不同程度的變色，其中一些更嚴重。變色有兩種：一種是變色真菌和腐爛真菌的繁殖引起的；另一種是濕熱狀態下木材中成分的酸化引起的。在高溫下干燥高水分的木材常常加深或加深木材的顏色，有時由于噴霧處理過程中的過濕或干燥室的長期不清潔而使木材表面變暗。